Michael Scofield trafia do Sony, brutalnego więzienia w Panamie. Los więźnia dzielą z nim m. in. Mahone, Bellick i T-Bag. Już pierwszego dnia Scofield musi walczyć o swoje życie… Lincoln zostaje zmuszony do współpracy z nieobliczalną agentką Susan Anthony, która porwała LJ-a i Sarę.