Katarzyna zaczyna niedomagać. Nękana koszmarami Anna obawia się o swoje życie. Cromwell wynajmuje we Francji armię protestanckich najemników. Ich celem jest zwalczenie wszelkich reliktów katolickich w Anglii. Po polowaniu król zatrzymują się na noc w majątku Seymoura. Katarzyna umiera w ramionach dwórki. Sir Boleyn wkracza na wojenną ścieżkę z Cromwellem. Anna ogłasza, że jest przy nadziei.
Miesiąc: Październik 2008
2×06 Episode 6
Po śmierci kardynała Fishera papież Paweł III ogłasza Henryka heretykiem. Henryk chce, by Elżbieta zastała uznana za jego prawowitą córkę. W tym celu obiecuje jej rękę Karolowi. Bareton planuje zabicie Anny. Franciszek nie uznaje Elżbiety za córkę monarchy i nie zgadza się na jej ślub ze swoim synem.
2×05 Episode 5
Fisher i More odmawiają uznania zwierzchnictwa króla. Cromwell przekonuje rodzinę Tomasza, by podpisała wydany przez Henryka dekret. Anna traci dziecko króla. Dla jej ojca największym problemem jest to, że po poronieniu rodzina Boleynów może popaść u króla w niełaskę. Biskup Fisher zostaje skazany na śmierć. Podobny los spotyka Tomasza. Henryk nakazuje, by More zginął przez ścięcie głowy.
2×04 Episode 4
Po chrzcinach swojej córki Elżbiety, Henryk zaczyna naciskać na kler, aby uznali jego małżeństwo z Anną i złożyli mu śluby wierności. Jego starsza córka Maria jednak odmawia uznania nowej królowej Anglii. Anna namawia swoją kuzynkę Madge, by została nową kochanką króla.
3×04 The Mole
Don prowadzi śledztwo związane z zabójstwem tłumacza pracującego dla chińskiego konsulatu. Okazuje się, że mężczyzna miał niejasne powiązania z Departamentem Sprawiedliwości, a jego śmierć nie była wypadkiem.
3×03 Provenance
Kilka dni przed światowym muzealnym turnee zostaje skradziony obraz warty kilka milionów dolarów. Don jednak podejrzewa, że kradzież może mieć związek z próbą przejęcia wielkiej kwoty z ubezpieczenia. Agenci muszą błyskawicznie znaleźć złodzieja. Wraz z rozwojem śledztwa, na jaw wychodzą zaskakujące fakty. Okazuje się bowiem, że w czasach Holokaustu cennym obrazem bardzo interesowali się naziści.
3×02 Two Daughters
Don poszukuje Megan, która została uprowadzona przez nauczycielkę. Niezrównoważona kobieta jest skłonna uwolnić zakładniczkę, jeśli policja wypuści jej nastoletniego chłopaka. Tymczasem Alan postanawia zmienić dotychczasowe mieszkanie.
3×01 Spree
Don podąża tropem dwójki przestępców: 30-letniej nauczycielki i 17-letniego chłopaka. Tymczasem Charlie i Amita bardzo się do siebie zbliżają. Mężczyzna obawia się nowego związku. Niepokoi go, że Amita, by być bliżej niego, przyjęła etat na uniwersytecie.
3×07 Vamonos
Konflikt między Michaelem a Jamesem zostaje załagodzony. Zapada decyzja o realizacji planu Scofielda. Niestety, podczas próby ucieczki zostają zauważeni przez strażników. Do Sony wkracza wojsko. Więźniowie mają pretensje do Lechero, że nie potrafi utrzymać porządku. Życie Michaela wisi na włosku…
3×06 Photo Finish
Michael żąda od Lincolna aktualnych zdjęć Sary i LJ-a. Burrows wyznaje mu tragiczną prawdę o ukochanej brata. Mahone otrzymuje propozycję, dzięki której już niebawem będzie mógł wrócić do Stanów. Tyge zostaje zamordowany. Podejrzenie pada na Whistlera.